Cellpose, StarDist, and Friends
TipObjetivos de Aprendizaje
Al finalizar la sesión, los alumnos serán capaces de:
Aplicar modelos preentrenados de última generación (como Cellpose, StarDist e InstanSeg) para segmentación de instancias.
Realizar el ajuste fino (fine-tuning) de modelos utilizando datasets personalizados con anotaciones de los propios usuarios.
Utilizar BioImage Model Zoo y plugins dentro de napari y Fiji para realizar inferencias de Deep Learning.
Prerequisitos
Programas instalados
- napari (con plugins de Cellpose y StarDist)
- Fiji (con integraciones correspondientes)
Conocimientos previos
- Fundamentos de Deep Learning y segmentación clásica.
Link al taller
Citation
Sallaberry, I., & Corbat, A. A. (2026). Workshop deep learning for bioimage analysis. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.22259997