Recursos del Curso

Esta página recopila las herramientas recomendadas, plataformas y bibliografía esencial que utilizaremos a lo largo de la etapa teórica asincrónica y las prácticas presenciales.

🛠️ Herramientas de Análisis Recomendadas

  • Fiji (ImageJ): La plataforma por excelencia para el procesamiento básico de bioimágenes. Descárgala en imagej.net/software/fiji.
  • Python: Lenguaje estándar en ciencia de datos. Recomendamos instalarlo a través de administradores de entornos como Miniconda o Pixi.
  • napari: Un visor de imágenes n-dimensionales interactivo y extensible en Python. Más detalles en napari.org.
  • Cellpose / StarDist: Herramientas basadas en aprendizaje profundo muy eficaces para segmentación celular y nuclear.
  • Cellpose SAM tutorial video: YouTube
  • Cellpose training tutorial: YouTube
  • Cellpose webpage: Sitio oficial. cellpose.org
  • StarDist webpage: Sitio oficial. stardist.net
  • Convpaint webpage: Documentación y uso con napari. guiwitz.github.io/napari-convpaint
  • Bioimage Model Zoo: Modelos y recursos para bioimágenes. bioimage.io
  • Hugging Face Spaces: Demos y apps interactivas de IA. huggingface.co/spaces
  • Try Segment Anything Model: Demo oficial interactiva de Meta. aidemos.meta.com/segment-anything
  • Bia-Bob Readme: Guía e introducción del proyecto. GitHub

📖 Material de Lectura e Inspiración Pedagógica

  • Software Carpentry: Metodologías didácticas y buenas prácticas de enseñanza de código y herramientas digitales en investigación. Ver software-carpentry.org.
  • Bioimage Analysis Training Resources: Repositorios de ejercicios abiertos en comunidades globales como NEUBIAS y BIIF.

🌐 Comunidad y Tutoriales Útiles