Otras herramientas para explorar (BYOW)
¿Cómo sigue el análisis de imágenes?
Al finalizar la sesión, los alumnos serán capaces de:
Explorar de forma autónoma herramientas de bioimagen alternativas para problemas específicos.
Definir un plan para abordar su propio problema biológico (“Build Your Own Workshop” - BYOW) utilizando las herramientas vistas o nuevas.
Opciones de herramientas a abordar
Tracking
Colocalización
- Por ejemplo recomandaciones en el video Understanding and Measuring Colocalization in Fiji and CellProfiler de Esteban Miglietta en el I2K.
Image Registration
Spectral Unmixing
Otras técnicas de segmentación
Phasors
Deconvolution
Spatial Transcriptomics
- Spatial Data: Permite combinar varias modalidades de bioimágenes y combinar información para hacer clasificación de células y estudiar espacialidad.
Histología
- QuPath: software libre y abierto para análisis de imágenes, con foco fuerte en histología y patología digital. Incluye opciones de segmentación como InstanSeg (intanseg), entre otras alternativas.
Presentación
El objetivo del ejercicio es que cada grupo/estudiante desarrolle un tutorial corto de una herramienta de su interés (pueden usar la lista anterior como sugerencia).
La presentación será el viernes y tendrá el siguiente formato:
- 10 minutos de presentación
- 5 minutos para preguntas
Pueden presentar con diapositivas o recorrer en vivo el tutorial que hayan desarrollado.
Pueden usar git y GitHub para practicar lo aprendido y dejar el tutorial disponible en línea.
El viernes veremos cómo publicar el tutorial en Zenodo con una licencia adecuada para que el material sea FAIR.